NCI는 국장 에이전트 카파(Ｋ) 한 명 아래로 다섯 가지 부서가 각자의 역할을 다하며 협업하는 구조입니다. 국장과 각 부서장을 제외하면 모든 관계는 수평적으로 이루어져 있으며, 국장이나 부서장이 단독으로 권한을 사용하여 조직 구성원들의 행동을 결정 짓는 일도 사실상 불가능합니다. 누구나 자유롭게 의견을 제시하고 받아들여질 수 있는 유연한 분위기를 지향합니다. 부서는 관리부서, 영업부서, 현장부서, 보안부서, 제작부서로 나뉘며 현장부서의 경우 원활한 업무를 위해 그 아래 여러 개의 유닛으로 요원들을 한 번 더 묶습니다. 소속 요원 전원 기본적으로 흰색 셔츠와 검은색 정장을 착용하고, 눈에 띄거나 인상에 깊게 남는 메이크업과 장신구는 철저하게 금지됩니다.
관리부서
부서장은 에이전트 베타(Β). 실질적인 조직 행정 업무을 도맡는 것이 관리부서의 역할입니다. 에이전트 알파, 베타, 에타, 뮤, 뉴, 오미크론, 타우, 입실론, 프시 총 9명으로 구성되어 있으며 기본적으로 업무 시간 중 본부를 떠나지 않는 사무직입니다. 세무와 회계 관련부터 요원 관리, 전산 운영, 뉴욕 주에 거주 중인 외계인의 정보를 조사 및 감독합니다. 그 외에 신입 요원의 교육, 시설물과 제도의 안전 관리, 문의 및 민원 응대, 비상 상황 통제, 조직 내 회의 주관까지도 관리부서의 일입니다. 관리부서는 요원들의 직무수행 능력을 돋우고 뉴욕 주에서의 우주사회 관련 사고를 미연에 방지하는 데 큰 역할을 합니다. 다른 요원들이 본연의 업무에만 전념할 수 있도록 여건을 조성하고 종합적으로 지원하는 부서입니다.
영업부서
부서장은 에이전트 감마(Γ). 외국과 타 지역의 우주사회 비밀정보 조직들 또는 우주사회와 연이 닿은 인간과 접촉하는 역할을 맡습니다. 부서는 에이전트 감마, 제타, 람다, 피 총 4명으로 구성되며 타 국가나 지역으로의 출장이 잦습니다. ICSO 동맹 국가와 협력하거나 정보를 주고받고, 우주사회 공동 형사기구와 연락하며, 공조수사를 요청하거나 받고, 새로운 요원을 영입하거나, 언론과 대중을 모니터링합니다. 특정 직종을 담당하기보다는 대상을 담당하는 부서로, 여러 부서와 협력하며 한정 없는 분야의 업무를 수행합니다.
현장부서
부서장은 에이전트 트리아(Ⅲ). 현장에 뛰어들어 실질적인 사건 수사를 담당합니다. 소속된 요원이 가장 많으며, 로마 숫자로 1(I)부터 20(XX), 그리고 50(L), 100(C), 500(D), 1000(M)을 더해 총 24명의 인원으로 구성됩니다. 업무 편의를 위해 이들은 여섯 명씩 한 개의 유닛으로 나뉘어 유닛 새턴, 넵튠, 우라누스, 플루토, 총 네 개 유닛으로 활동합니다. 신입 요원을 선발하게 되면 새로운 코드네임을 부여하고, 그들은 새로운 유닛으로 구분되게 될 것입니다. 이들은 일종의 우주사회 형사로서 지역 경찰의 협조를 받거나 시민을 심문하며 범인을 추적하고, 때로 잠복근무를 수행하고, 사건의 원인을 밝혀내며, 강력범죄를 대응하며, 조직범죄나 지능범죄 역시 조사합니다. NCI의 전신이라고 부를 수 있으며 실질적인 뉴욕 주민과 외계인의 불편 해결을 담당하고 안전을 지켜내는 부서입니다.
보안부서
부서장은 에이전트 델타(Δ). 현장부서를 직접적으로 지원하는 임무를 맡습니다. 에이전트 델타, 엡실론, 세타, 요타, 파이, 로까지 총 6명이 이 부서에 소속되어 있습니다. 사건 현장을 복원하고 시민이 공포에 떨지 않도록 보안을 관리하며, 사건 종료 이후 보고서를 작성합니다. 현장부서의 활동과 연계하여 움직이나 현장부서의 하위 부서가 아닌 별개의 부서로 취급됩니다. NCI와 외계인이 시민과 접촉한 흔적을 지워 뉴욕 주민들이 안정적인 삶이 유지되도록 돕는 것이 보안부서의 주 업무입니다.
제작부서
부서장은 에이전트 시그마(Σ). 수사에 사용하는 물품과 장비를 발명 및 제작하며, 외계 출처의 압수품을 연구·관리하고, 과학수사 지원을 담당하는 부서입니다 NCI 내에서 가장 규모가 작은 부서로 에이전트 크시, 시그마, 카이 3명이 이곳에 소속됩니다. 증거품이나 자료의 분석이 필요한 상황이면 제작부서에서 감식하며, 외계 물질이나 질병 등 과학적인 전문 지식이 필요한 상황에서 대부분 동원됩니다. 웬만한 경우 본부에 마련된 사무실에서 모든 업무를 처리하며 대외 활동을 하지 않습니다.
본부 구조도
NCI 본부는 맨해튼 중앙, 그리니치 빌리지에 위치합니다. 이따금 컬럼비아 대학교 근처에 본부가 있다며 거짓 음모론이 돌기도 하지만, 실제로는 그보다 훨씬 남쪽입니다. 정확한 주소는 맨해튼 5번가 63, 파슨스 디자인 스쿨의 신관 유니버시티 센터로 요원 기숙사 역시 해당 건물 꼭대기 층(건물 구조도에 수록되어 있지 않은 17, 18층)을 사용합니다. 건물 입장 후 특정 위치의 스태프 룸 문을 열고, 그 안에 설치된 엘리베이터를 타고 지하 3층 버튼을 눌러 이동하면 NCI의 본부에 도착할 수 있습니다. 본부 시설은 총 네 개 층으로 이루어져 있습니다.
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- 체력단련 훈련장에서는 기초체력운동, 사격, 근력운동, 맨손체조 등 여러 종목의 운동을 할 수 있습니다.
- 창고에는 체육용품이나 생활 비품을 보관합니다. 장비는 비품실 혹은 자료보관실에 둡니다.
- 2층부터 4층까지는 복층 구조로, 2층에 설치된 대형 스크린이 한쪽 벽면을 채우고 있습니다.
- 대형 스크린에는 뉴욕 주에 거주하는 외계인 현황을 24시간 상시 표시하여 관리합니다.
- 관리부서실의 복도 쪽 벽면은 통유리 재질로 되어 있습니다.
- 카페테리아는 구내식당보다 휴게실에 가까우며, 테이블과 소파가 놓여 있습니다.
- 카페테리아에서는 음식을 판매하거나 조리하지 않지만, 음식의 취식은 이곳에서만 허용됩니다.
- 음료나 간단한 간식의 경우 다른 장소에서의 취식도 어느 정도는 허용하고는 합니다.
- 회의실은 중앙에 테이블이 놓인 게 아니라, 모든 의자가 한쪽 벽면을 향해 놓인 세미나실 구조입니다.
- A번 출동 대기실은 현장부서가, B번 출동 대기실은 보안부서가 사용합니다.
- 출동 대기실에는 요원 개인 사물함과 탈의실이 위치합니다.
- 비품실에는 제작부서에서 연구 중인 비품만 보관하며, 그 외의 것은 자료보관실에 둡니다.
- 자료보관실과 국장실 출입에는 부서장 이상 직급 혹은 그 대리인의 허가가 필요합니다.
- 미니라운지 벽면에는 작은 책장과 장식장이 놓여 있습니다.
- 1층을 포함해 각 층 엘리베이터와 화장실 사이의 장소에 계단이 위치합니다.
- 요원들은 요청 시 파슨스 디자인 스쿨 시설을 이용할 수 있는 직원·학생증을 받을 수 있습니다.
- 차량은 본부 내부가 아닌 파슨스 디자인 스쿨 지하 주차장 특별 공간에 따로 보관하고 있습니다.